Die Saison 1998/99 war die 4. Spielzeit der höchsten Spielklasse Mecklenburg-Vorpommerns als Verbandsliga Mecklenburg-Vorpommern und die fünfte als fünfthöchste Spielklasse im Fußball der Männer in Deutschland. Meister wurde der SV Warnemünde und stieg zur Saison 1999/2000 in die Oberliga Nordost auf. Da es 1998/99 keinen Absteiger aus Mecklenburg-Vorpommern aus dieser Spielklasse gab und der FC Neubrandenburg mit dem SV Tollense Neubrandenburg fusionierte, musste keine Mannschaft in die Landesliga absteigen.
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